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DNA自動(dòng)序列測(cè)定試驗(yàn)

時(shí)間:2015/4/30閱讀:270
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齊一生物科技(上海)有限公司編輯報(bào)道:

[實(shí)驗(yàn)原理] 
DNA 測(cè)序(DNA sequencing)是對(duì)DNA 分子的一級(jí)結(jié)構(gòu)的分析。其基本原理是DNA 的復(fù)制反應(yīng)體系中需要存在DNA 聚合酶、DNA 模板、寡核苷酸引物和dNTP,引物和模板退火形成雙鏈后,DNA 聚合酶在引物的引導(dǎo)下在模板鏈上沿3’→5’的方向移動(dòng),dNTP 按照堿基配對(duì)原則,逐個(gè)連接在引物的3’-OH 末端。然而,如果在DNA 合成體系中加入雙脫氧核苷三磷酸(2’,3’-ddNTP),后者與dNTP 的區(qū)別在于脫氧核糖的C3 位置缺少-OH,這樣,一旦2’,3’-ddNTP 摻入到DNA 鏈中,由于沒有3’-OH,不能同后續(xù)的dNTP 形成磷酸二酯鍵,從而使正在延伸的引物鏈在此終止。
DNA 自動(dòng)測(cè)序技術(shù)也采用了這一基本原理。即在反應(yīng)體系中除了加入正常反應(yīng)所必需的4 種dNTP 外,還加入了一定比例的4 種熒光染料基團(tuán)標(biāo)記的2’,3’-ddNTP,鏈合成過程中,dNTP 和熒光染料基團(tuán)標(biāo)記的2’,3’-ddNTP 處于一種競(jìng)爭(zhēng)狀態(tài),結(jié)果DNA 合成反應(yīng)的產(chǎn)物是一系列長度不等的具有熒光信號(hào)的多核苷酸片段,借助計(jì)算機(jī)自動(dòng)數(shù)據(jù)處理zui終得到 DNA 堿基的排列順序。
[試劑與儀器]
試劑:1. BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit:
⑴ Ready Reaction Mix; ⑵ 陽性對(duì)照模板和引物; ⑶ BigDye Terminator v3.1Sequencing Buffer (5×)。
2. 目的基因測(cè)序引物。
3. 99%乙醇;125mM 的EDTA;3M 醋酸鈉(pH 5.2);70%乙醇。
4. Hi-Di 甲酰胺。
儀器:1. MicroAmp? 96-Well Reaction Plate;
2. PCR 擴(kuò)增儀(GeneAmp PCR System 9700);
3. 低溫高速離心機(jī);
4. DNA 序列分析儀(ABI 公司3130 基因分析儀)。
[操作方法]
1. 模板的準(zhǔn)備(PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物)
⑴ 目的基因的擴(kuò)增與純化:
一般來說,任何可以去除dNTPs 和引物的方法都是可行的。這里使用Microcon-PCR單個(gè)樣品PCR 產(chǎn)物純化柱(Millipore, #1045062)。
⑵ 確定PCR 擴(kuò)增并純化后的目的基因的質(zhì)量:
應(yīng)用瓊脂糖凝膠電泳法檢測(cè)純化后目的基因的質(zhì)和量。對(duì)測(cè)序用PCR 產(chǎn)物的量的要求見下表。
PCR 產(chǎn)物 應(yīng)用量
100–200 bp 1-3 ng
200–500 bp 3-10 ng
500-1000 bp 5-20 ng
1000-2000 bp 10-40 ng
>2000 bp 20-50 ng
2. 測(cè)序反應(yīng)
⑴ 測(cè)序反應(yīng)混合物的準(zhǔn)備:按下列比例配制。
Ready Reaction Premix (2.5×) 2μl
BigDye Sequencing Buffer (5×) 1μl
引物 3.2 pmol
模板 見PCR 產(chǎn)物應(yīng)用量
去離子水 至10μl
總體積 10μl
⑵ 測(cè)序反應(yīng)的條件:
96℃1min→(96℃ 10sec→50℃ 5sec→60℃ 4min)×25 循環(huán)→4℃ 保溫

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