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新技術(shù)把細(xì)菌插入DNA的速度提高1萬倍

時間:2017-9-22閱讀:181
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研究人員經(jīng)常會用工程方法改造細(xì)菌或者酵母,例如,研究人員創(chuàng)造的細(xì)菌可以吞食塑料垃圾、制作生物燃料或者胰島素,有時他們創(chuàng)造的酵母能夠生成牛奶或者奶酪,在實驗室就可以生成,不需要牛;要改造小細(xì)菌或者酵母,當(dāng)中有一個步驟很麻煩:將新的 DNA 放進(jìn)細(xì)胞。

如果某個特殊物種之前沒有用工程技術(shù)改造過,如何讓它的細(xì)胞接受 DNA 呢?解決此問題往往需要幾個月甚至幾年的時間。事實上,插入 DNA 的工作相當(dāng)乏味。一般來說,研究人員會用手動方式操作,通過吸移管將一個細(xì)胞樣本放進(jìn)小室,小室里面已經(jīng)插入了 DNA,一次只能移一個,研究人員要從幾百萬甚至幾十億個細(xì)胞中仔細(xì)尋找,直到獲得zui滿意的結(jié)果。MIT 一家創(chuàng)業(yè)公司現(xiàn)在開發(fā)出新技術(shù),可以讓尋找的速度提高 1 萬倍。

 

這家創(chuàng)業(yè)公司名叫 Kytopen,Paulo Garcia 是公司的聯(lián)合創(chuàng)始人,他還是 MIT 的研究科學(xué)家,Paulo Garcia 說:“在 DNA 編寫與閱讀方面技術(shù)的進(jìn)步速度很快,分析序列數(shù)據(jù)的技術(shù)也有了很大的突破。然而當(dāng)我們將 DNA 放進(jìn)細(xì)胞時卻碰到了瓶頸。”

研究人員制作一個流體通道,寬度和頭發(fā)絲差不多,通道中間比較狹窄,研究人員將通道放在吸移管。當(dāng)細(xì)胞以流動方式穿過通道,電荷會在細(xì)胞上開孔,這樣就可以將 DNA 放進(jìn)。因為通道的形狀比較特殊,電荷處在zui高位的時間會極力縮短,這樣一來細(xì)胞不會嚴(yán)重?fù)p壞,處理之后仍然可以生存下去。

如果使用目前已有的技術(shù),一次只能處理一個細(xì)胞樣本,有些人一小時之內(nèi)能處理 50 個樣本。新系統(tǒng)一次可以處理 96 個甚至更多樣本,每個樣本有一百萬個細(xì)胞,幾分鐘就可以生成幾十億個新變體。正因如此,一小時之內(nèi),新技術(shù)的處理數(shù)量和舊系統(tǒng)一年的處理數(shù)量差不多。

Ginkgo Bioworks 用細(xì)菌制作香水、調(diào)料及其它產(chǎn)品,公司創(chuàng)始人 Barry Canton 說:“在基因工程領(lǐng)域,如果只是坐在電腦前,輸入 DNA 代碼,然后就能得到自己想要的結(jié)果,這種好事不太可能發(fā)生……我們要做的就是嘗試一些設(shè)計,看看它們的表現(xiàn)如何,然后不斷重復(fù),直到找到自己想要的,這是一種方法;還有另一種方法,從一開始就制定 10000 種不同的設(shè)計,嘗試所有的設(shè)計,快速找到哪個可用。”Gingko 建有龐大的研究設(shè)施,里面到處是機器人,有了新技術(shù)的幫助它可以加速研究;如果是一般的實驗室,新技術(shù)帶來的變化尤其巨大。

如果使用新技術(shù),與以前相比,能夠處理的細(xì)菌或者酵母種類更多,因為新技術(shù)解決了另一個難題:創(chuàng)造有利條件,讓特定種類的細(xì)菌或者酵母接受 DNA。照估計,細(xì)菌的種類有幾百萬種,Kytopen 創(chuàng)始人說,科學(xué)家社區(qū)只能栽培或者獲取其中的 1%,至于用基因工程加工的種類就更少了。

如果研究人員能夠用工程方法進(jìn)入之前不能進(jìn)入的種類,也許可以找到新的解決方案。Kytopen 聯(lián)合創(chuàng)始人、MIT 機械工程副教授 Cullen Buie 說:“這些有機體也許可以創(chuàng)造出新的治療蛋白質(zhì),或者孕育出抗生素、生成酶,用于食物生產(chǎn)和生物燃料制作。在生物領(lǐng)域有無窮的可能性,只是因為我們無法進(jìn)入所以不知道。”

技術(shù)會帶來怎樣的影響?Buie 認(rèn)為很難預(yù)測。他說:“如果處理的速度快了很多,人們就會問一些新問題,之前因為任務(wù)太繁重,大家不能研究這些問題??傊?,這是一門作用極大的技術(shù)。我們沒有吹捧的意思,真不希望大家有這樣的感覺,如果你能在一小時之內(nèi)將一年的工作做完,那肯定會給研究工作帶來巨大的變化。”

Kytopen 拿到了 The Engine 的投資,The Engine 是 MIT 成立一個加速器項目,它向出色的創(chuàng)意提供資金支持,這些創(chuàng)意可能很難從 VC 公司手中拿到資金。Kytopen 是 The Engine *投資項目中的一個,它還向 Analytical Space 和 iSee 投資。Analytical Space 開發(fā)系統(tǒng),從太空傳輸高速數(shù)據(jù);iSee 為人機協(xié)作開發(fā)下一代 AI。Buie 說:“如果沒有 The Engine,像我們這樣的技術(shù)可能會陷入危險境地,它不再是基礎(chǔ)研究(科學(xué)方面的研究已經(jīng)做完了),不是軟件,也不是目前 VC 公司愿意投資的其它領(lǐng)域。如果這樣的技術(shù)中途夭折,真是一件很可惜的事,的確有許多技術(shù)不幸死亡。”

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