美國鼠兔是一種可愛的小動物，圓滾滾，萌萌噠，人稱美國皮卡丘。由于它們對高溫非常敏感，故棲息在又高又冷的山區(qū)，而隨著氣候變暖，它們逐漸向更高的山區(qū)遷徙。這就為鼠兔的研究帶來了難題。
對于這個瀕危物種，研究人員不能采取強硬的手段來捕獲，而只能依靠非侵入性采集的樣本，比如毛發(fā)或糞便中的DNA。由于這些樣本中只含有少量的DNA，新一代測序技術是否適用，這可是個問題。
研究人員利用非侵入性的陷阱，從華盛頓州的北瀑布國家公園采集了12只鼠兔的毛發(fā)樣本。研究人員稱，這些樣本的平均起始DNA濃度為0.55 ng/μl，而有些樣本的DNA量甚至低于1 ng。
他們采用nextRAD基因分型技術從美國鼠兔的樣本中收集SNP數(shù)據(jù)。這種Nextera tagmentation技術來自Illumina，它以轉(zhuǎn)座酶為基礎，同時完成DNA的片段化和接頭的添加，大大減少了所需的DNA起始量。他們從每個樣本中平均獲得1,863,634個測序讀取。
為了確保這些DNA來自鼠兔，他們將測序讀取定位回鼠兔基因組，發(fā)現(xiàn)16個樣本的相當一部分讀取對應了其他的小型哺乳動物，還有2個與人類匹配，1個來自玉米。
在其余67個樣本中，研究人員發(fā)現(xiàn)了3,803個SNP，而異常值檢測發(fā)現(xiàn)37個位點在一個樣帶，18個在另一個樣帶。其中5個位點與已知功能的基因相關，包括ROR2基因，它參與了骨骼和神經(jīng)發(fā)育以及細胞運動和細胞極性；HEPHL1基因，它似乎是鐵氧化酶；以及TMX4，一種跨膜蛋白。
研究人員指出，多態(tài)性位點的比例隨采樣點的不同而變化。與海拔中等和較高的點相比，在海拔較低的點采集的樣本也有著較少的多態(tài)性位點。他們認為，樣帶上的基因多態(tài)性也有著類似的趨勢。“我們發(fā)現(xiàn)遺傳變異與海拔顯著相關，海拔較低的地方也表現(xiàn)出較低的多態(tài)性水平，"研究人員寫道。
在金字塔峰（PP）樣帶的較低和中等海拔的點，研究人員發(fā)現(xiàn)了明顯的近親繁殖，不過在較高海拔的點卻沒有發(fā)現(xiàn)。同時，桑頓湖（TL）樣帶的所有點都表現(xiàn)出近親繁殖的證據(jù)。
研究人員認為，盡管他們能夠發(fā)現(xiàn)鼠兔中的遺傳變異，不過非侵入性采樣仍然具有挑戰(zhàn)性。例如，采樣過程必須盡量限制非目標DNA的采集，以及需要評估獲得的序列，以確保它們來自感興趣的物種。
