克隆的道路有很多條，比如TA克隆、不依賴連接反應(yīng)的克?。↙IC）、重組酶依賴的克隆等等。TA克隆和LIC都需要末端修飾，而這種修飾不容易被凝膠電泳等技術(shù)檢測。重組酶通常又是和克隆試劑盒捆綁銷售的，因此研究人員也很難優(yōu)化重組反應(yīng)。于是，美國艾默里大學(xué)生物化學(xué)系的Anton V. Bryksin和Ichiro Matsumura開發(fā)出一種PCR介導(dǎo)的克隆方法-重疊延伸PCR克隆（Overlap extension PCR cloning），相當(dāng)簡單且可靠。
克隆過程如下：一開始用嵌合體引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，產(chǎn)生了線性的插入片段，且片段兩端都有載體序列。然后將載體和插入片段混合，變性并退火，隨后將載體作為模板，用Phusion DNA聚合酶延伸雜交后的插入片段，直到聚合酶到達(dá)插入片段的5’端。在幾輪PCR循環(huán)后，反應(yīng)的終產(chǎn)物是帶有兩個缺口（每條鏈一個）的雙鏈融合質(zhì)粒。利用DpnI限制性內(nèi)切酶消化，除去母板質(zhì)粒，新質(zhì)粒則轉(zhuǎn)化到大腸桿菌中，DNA修復(fù)酶將缺口封住。
研究人員在反應(yīng)中使用的是NEB公司的Phusion DNA聚合酶，他們認(rèn)為這很關(guān)鍵，因為此酶保真度高，且不擁有鏈置換活性。研究人員還比較了五種不同的DNA聚合酶，認(rèn)為這個。反應(yīng)中只需要DNA聚合酶，而不再需要操作多個限制性內(nèi)切酶、重組酶、連接酶和糖基化酶等。
在原理驗證的實驗中，研究人員首先克隆了gfp。他們認(rèn)為，高濃度的插入片段和相對低的退火溫度（比計算出的退火溫度低5-10°C）對于的重疊延伸是很重要的。轉(zhuǎn)化后的重組子有98%以上呈綠色，說明克隆錯誤和原始載體的殘留極低。
研究人員還比較了PCR循環(huán)數(shù)對克隆效率的影響。他們發(fā)現(xiàn)：在zui初15個循環(huán)，重組克隆數(shù)量不斷增加，在17-18個循環(huán)達(dá)到高峰。之后的循環(huán)導(dǎo)致克隆數(shù)量略微下降。隨后，他們還比較了三種不同的載體：插入片段比例（1：5、1：50和1：250）。他們發(fā)現(xiàn)，1：250的比例產(chǎn)生了zui多的重組克隆。
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