生物通報道：英國雜志《Nature》周刊是世界上zui早的性科技期刊，自從1869年創(chuàng)刊以來，始終如一地報道和評論科技領域里zui重要的突破。其辦刊宗旨是“將科學發(fā)現的重要結果介紹給公眾，讓公眾盡早知道*自然知識的每一分支中取得的所有進展”。近期《Nature》下載論文zui多的十篇文章（2013年5月15日 ～ 2013年6月14日）：透明的大腦
Nature 497 （2013年5月16日）5月16日封面所示為完好的小鼠海馬體的一個三維圖片，它被做成透明的，顯示表達eYFP（綠色）、小清蛋白（紅色）和膠質細胞原纖維酸性蛋白（藍色）的神經元。生物組織的高分辨率成像傳統上需要切片，這對像大腦那樣的組織來說意味著要失去長距離連接?，F在，Karl Deisseroth及其同事開發(fā)出培養(yǎng)在光學上是透明的、大分子可滲透的完整、完好器官的一種方法，其做法是：從組織內部構建一個基于水凝膠的“基礎設施”，它可以讓研究人員隨后將散射光的類脂除掉，從而得到一個透明的大腦。被稱為CLARITY的這種方法還允許用抗體對蛋白進行重復標記以及在非切片的組織（如在福爾馬林中保存很多年的完整小鼠大腦或人的臨床樣本）中對核酸進行原位雜交。“組織缺氧”對微RNA的影響
Nature 497 （2013年5月16日）由微RNA介導的對基因表達的調控，出現在對“組織缺氧”（固體腫瘤中心所發(fā)生的一種狀況）等壓力條件的反應過程中。Mien-Chie Hung及其同事發(fā)現，致癌基因產物EGFR（表皮生長因子受體）磷酸化argonaute 2 （AGO2），后者是微RNA的生物生成中的一個關鍵因子，而且這一過程會被“組織缺氧”增強。AGO2的這一修飾損害微RNA的處理，但促進細胞存活和入侵性。具有較高phospho-AGO2含量的乳腺癌患者預后較差。萬眾一心的“超級螞蟻”
Nature 498 （2013年6月6日）

蟻群有時被當成超級生物，即它們在群落層面上會受到自然選擇的影響。在對“紅色收獲蟻”（Pogonomyrmex barbatus）的集體行為與群落中生殖成功率之間的關系所做的一項長期（27年）研究中，Deborah Gordon發(fā)現，它們的確能表現出這種超級生物特性。在干旱時期，“收獲蟻”的覓食往往不像它們在食物豐富時那么多；它們似乎是等待時機，直到狀況改善。這種懂得克制的特征會傳給它們的子群落，說明它的確可被看作是一個群落層面的特征。
癌細胞的“內吞”營養(yǎng)機制
Nature 497 （2013年5月30日）這篇論文描述了向癌細胞供應養(yǎng)分的一個以前沒有被識別出來的通道。致癌的Ras蛋白已知促進“巨胞飲”（macropinocytosis）。這是一個“內吞”過程，在其中，細胞外流體及其成分通過名為“巨胞飲小體”（macropinosome）的小泡被內化到細胞中?，F在，Dafna Bar-Sagi及其同事發(fā)現，被Ras改變的細胞可利用這一過程來“吃”細胞外蛋白。被“巨胞飲”的蛋白發(fā)生降解，產生支持腫瘤生長所必需的自由氨基酸。這一發(fā)現表明，“巨胞飲”的抑制對于治療一個亞組的癌癥可能會有效。
消除基因數據的不一致性
Nature 497 （2013年5月16日）相近的、但卻發(fā)生在很久以前的演化事件，對那些尋求重建演化史的人們構成特別的挑戰(zhàn)。通常的方法依靠的是“蠻干”——只是簡單地將盡可能多的遺傳信息串接起來，看結果會是什么。但用來進行這種串接的數據質量如何呢？Leonidas Salichos 和Antonis Rokas對來自23個酵母基因組的1070個基因數據集提出了這個問題，并且發(fā)現，這1070個基因樹中沒有一個是與從串接分析得到100%支持的系統相同的。不一致程度對于處在系統較深處的較短“節(jié)間”（internodes）來說會更大。研究人員通過優(yōu)先“信任”那些獲得高的“平均進化枝支持”（average clade support）的基因或“節(jié)間”解開了這個“結”。他們認為，消除數據中的不一致性應當是任何尋求破解久遠演化事件的人需要邁出的*步。

確定手性的一種方法Nature 497 （2013年5月23日）
手性分子是作為能形成不可重合的鏡像的對映體存在的，手性在化學和生物學的很多方面都扮演一個基礎性的角色。對手性進行檢測和量化以難度大著稱，因為傳統光譜方法所利用的是弱效應?，F在，Patterson等人發(fā)現，與一個轉換的電場相結合的微波光譜能夠將一個電偶極Rabi頻率（直接取決于分子的手性的一個變量）映射到所發(fā)射的微波輻射的相上。這個效應然后被用來確定冷的氣相分子（在這項研究中用1,2-丙二醇的S-對映體和R-對映體及它們的外消旋混合物來演示）的手性。該方法產生了手性的大的、確定的特征，而且既靈敏又有成分選擇性（species-selective），這使它成為確定一種混合物中多種成分的手性的一個潛在的理想而*的工具。本期封面圖片上所描繪的紅色和藍色痕跡是從來自1,2-丙二醇的S-對映體和R-對映體的數字化的信號得到的。封面設計：。
HIV-1衣殼的原子結構模型
Nature 497 （2013年5月30日）
本期封面所示為處于病毒包膜內、具有六聚（金色）和五聚（綠色）組合單元的“人免疫缺陷病毒-1” （HIV-1）衣殼的一個原子模型。HIV-1（zui主要的艾滋病病毒）含有一個包裹著病毒RNA基因組的球形衣殼。隨著逆轉錄病毒的成熟，衣殼通過衣殼蛋白CA的自然低聚反應而形成。利用“冷電子顯微鏡”和“冷電子斷層掃描”方法，結合“全原子、大尺度分子動態(tài)模擬”，Gongpu Zhao等人確定了HIV-1衣殼的一個完整原子結構。所獲得的結構模型顯示了衣殼形成、穩(wěn)定性和病毒感染性所必需的元素。特別令人感興趣的是CA蛋白羧基端部區(qū)域之間在一個新穎的“三倍界面”中的憎水相互作用，這似乎是成熟衣殼的一個*特征，以前被認為可能是一個有吸引力的治療目標。
基于發(fā)育的“基因型-表現型”關系圖Nature 497 （2013年5月16日）
基因型是怎樣轉換成表現型的？當它們發(fā)生轉換時，自然選擇是按什么形式的“基因型-表現型”混合體進行的？它是會“看到”很多小點（little points）、其中每個點都處在自己的適應性環(huán)境中，還是會“看到”代表所有這些點的總合的一個更為粗糙的畫面？答案當然是后者，但這里的“過濾器”是發(fā)育，它會約束和決定各種選項?；趤碜匝例X發(fā)育的真實數據的一項新的模擬研究，對基因、發(fā)育和表現型之間在形態(tài)演化過程中經常是復雜的相互作用進行了探討。
單分子內部結構的檢測Nature 498 （2013年6月6日）
拉曼光譜被廣泛用來通過檢測分子的特征振動識別它們。該技術已被優(yōu)化到在單分子層面也有效，辦法是采用能增強光譜信號的強局域化的等離子場。這項研究走得更遠了一步：它演示了一個與“尖增強的拉曼散射”（TERS） 相關的方法，該方法允許對等離子激元共振和拉曼光譜成像進行微調，能實現低于1納米的光譜分辨率，甚至能解析一個單分子的內部結構及其在表面上的構形。該方法為單分子層面上的光化學開辟了一條新途徑，為按需設計、控制和改變分子的功能提供了可能性。
生物膜形成的“富者更富”機制Nature 497 （2013年5月16日）
 
人們對細菌怎樣自組織成微型菌落（形成生物膜的*步）很不了解。在這項研究中，Gerard Wong及其同事采用一個大規(guī)模并行細胞跟蹤算法來獲取每個細胞在一個新表面的定殖過程中的運動歷史。這個系統顯示，“銅綠假單胞菌” 產生由“表多糖”構成的一個徑跡，這會影響隨后遇到它的任何其他細胞的運動性，產生一個引導這些細胞形成微型菌落的正反饋。該研究中所觀察到的這個正反饋類似于在財富分配中所觀察到的“富者更富” 的冪定律。來源：生物通