子科生物報(bào)道：近年來，一些高質(zhì)量的人類基因組組裝已有報(bào)道，但非洲仍然缺乏這樣的數(shù)據(jù)。如果沒有可供參考的基因組組裝數(shù)據(jù)，非洲人（特別是具有北非血統(tǒng)的人），就無法了解與疾病相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)突變。

為了解決這個(gè)問題，德國呂貝克大學(xué)Hauke Busch和Saleh Ibrahim領(lǐng)導(dǎo)的研究小組近日結(jié)合長讀長和短讀長測序來生成了埃及人群的參考基因組，這意味著埃及向著精zhun醫(yī)學(xué)研究邁出了重要的第1步。該成果發(fā)表在《Nature Communications》雜志上。

研究人員指出：“在全基因組關(guān)聯(lián)研究中，只有2%的個(gè)體是非洲血統(tǒng)，但不同人群之間的遺傳病風(fēng)險(xiǎn)可能有所不同，特別是對于非洲個(gè)體而言。”他們認(rèn)為，新的組裝將有助于更準(zhǔn)確地解釋非洲人群的遺傳風(fēng)險(xiǎn)。

在這項(xiàng)研究中，研究人員利用PacBio、10x Genomics和Illumina測序數(shù)據(jù)，獲得一名埃及男性的高質(zhì)量的基因組組裝，覆蓋度達(dá)270倍。這個(gè)稱為“EGYPT”的組裝覆蓋2.8 Gb，并且包含20 Mb在GRCh38參考基因組中未出現(xiàn)的新序列。

作者在文中指出，這個(gè)組裝的質(zhì)量很高，可與先前測序的韓國個(gè)體AK1基因組和非洲約魯巴個(gè)體基因組相媲美。來自尼日利亞的約魯巴人是zui早被測序的非洲人。早在2008年，Illumina就對約魯巴人的基因組進(jìn)行了測序。

研究人員還利用短讀長測序?qū)?10名埃及個(gè)體進(jìn)行測序，并將序列與參考基因組進(jìn)行比較，以鑒定特定人群的變異。他們報(bào)告了近2000萬個(gè)單核苷酸變異（SNV）以及12萬個(gè)結(jié)構(gòu)變異（SV）。

從埃及隊(duì)列中鑒定出的各類遺傳變異（圖片來自原文）

他們解釋說，了解遺傳變異是關(guān)鍵，因?yàn)榘＜叭撕蜌W洲人之間存在等位基因頻率和連鎖不平衡的差異，可能會(huì)影響基于歐洲血統(tǒng)的疾病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測和多基因風(fēng)險(xiǎn)評分，從而突出了對多種族參考基因組的需求。

非蛋白編碼的變異可能具有調(diào)控作用，影響基因并zui終影響蛋白表達(dá)。利用RNA測序獲得的血液表達(dá)數(shù)據(jù)以及基于10x Genomics測序的分相變異數(shù)據(jù)，研究人員確定了有著單倍型表達(dá)模式的基因。他們發(fā)現(xiàn)，1180個(gè)基因在血液中顯示出單倍型表達(dá)。此外，他們還報(bào)告了1198個(gè)埃及人群*的變異，其中49個(gè)是新穎的。

研究人員認(rèn)為，埃及人參考基因組將成為精zhun醫(yī)療中的寶貴資源。人們可以立即使用它提供的大量信息來研究埃及人群的遺傳學(xué)及其對分子表型和疾病的影響。這個(gè)參考基因組將為更好地了解埃及、非洲乃至的基因組圖譜鋪平道路。