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樹鼩中APP基因特征描述及可變剪接體的分型鑒定

時(shí)間:2017/5/5閱讀:319
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目的 區(qū)分并鑒定樹鼩中APP基因mRNA的多種可變剪接體,對APP基因特征進(jìn)行描述,并確定其在各組織中的表達(dá)分布。

方法 參考已知人的和樹鼩基因組預(yù)測的APP基因序列,設(shè)計(jì)樹鼩APP基因mRNA剪切體外顯子的共同特異性引物。分別從樹鼩不同組織中提取總RNA,反轉(zhuǎn)錄為cDNA,利用高保真酶擴(kuò)增目的剪切體DNA。根據(jù)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳條帶的有無和大小初步判斷剪接體的型別,zui后將PCR產(chǎn)物膠回收進(jìn)行測序鑒定,對獲得的基因進(jìn)行特征描述,并結(jié)合定量PCR的結(jié)果確定了各剪接體在不同組織中分布情況。

結(jié)果 結(jié)果表明樹鼩APP剪接體的全長為3514 bp,有一個(gè)109 bp的5'-UTR,1092bp的3'-UTP。APP基因在調(diào)查的9個(gè)物種中高度同源保守,顯示樹鼩與靈長類存在一個(gè)較近的親緣關(guān)系。通過三維建模獲得了樹鼩和人的APP基因共同擁有的4個(gè)結(jié)構(gòu)域。同時(shí)確認(rèn)這4種通過外顯子跳躍產(chǎn)生的APP可變剪接體在不同組織中的分布和表達(dá)。4種檢測到的剪接體APP770,APP695,APP751,APP677均表達(dá)于肺、腎和腸,表達(dá)量zui高的是肺、肌肉。

結(jié)論 對樹鼩APP基因可變剪接體的表達(dá)研究,有助于推動(dòng)樹鼩作為阿爾茨海默病模型深入研究疾病的發(fā)生機(jī)制和藥物研發(fā)。

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