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變性聚丙烯酰胺凝膠電泳實驗

時間:2016-2-29閱讀:150
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本方法由于快捷、簡便及具髙分離度,對純化寡核苷酸非常有用。盡管得到率偏低(<50%),回收的量通常卻大大超過了大多數(shù)分子生物學應(yīng)用所需的量步驟亦可用于分離小RNA或其他單鏈多聚核苷酸。

實驗材料

核苷酸

試劑、試劑盒

濃氨水TBE丙烯酰胺亞甲雙丙烯酰胺TEMED尿素過硫酸銨TE

儀器、耗材

真空旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀電泳儀

實驗步驟1.  用濃氨水將合成的寡核苷脧從可控孔度玻璃拄上洗脫下來。于55℃加熱5 h 以上。


2.  樣品移至離心管中,在Speedvac真空旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)儀中凍干,沉淀用0.2 ml 的水重懸。

3.  裝好灌膠裝置,準備合適的凝膠溶液(表1)。對于10 cm×16 cm×1.6 mm 大小的凝膠,在一個真空過濾瓶中棍合下列成分:

(1)25.2 g  尿素(終濃度7 mol/l)

(2)6 ml 10×TBE  電泳緩沖液

(3)40%丙烯酰胺/2%亞甲雙丙烯酰胺溶液(所需量)

(4)加水至60 ml


(5)脫氣10 min,加入200 μl10%的過硫酸銨及30 μl 的TEMED?;旌虾蠊嗄z,室溫下讓膠聚合30 min 以上。
 

表1、變性聚丙胺凝膠電泳能使相應(yīng)片段達到zui適分離度的丙烯酰胺濃度


4.  拔去梳子,將凝膠板固定在電泳槽上,用1×TBE下緩沖液注滿上層及下層槽。

5.  加樣前用2×甲酰胺加樣緩沖液將樣品作對倍稀釋。

6.  每一個2 cm×1.6 mm 孔中可以加入2 μmol 合成量的25%。

7.  得到一個清哳的結(jié)果約需10 μg(50 μl 重懸樣品+50 μl 2×甲酰胺加樣緩沖液=每孔100 μl)。

 

8.  臨加樣前用移液器上下吹打TBE緩沖液數(shù)次以*洗滌樣品孔。

9.  加樣,在約5 V/cm2電壓降下電泳至溴酚藍到達膠底部。

 

10.  將凝膠板從電泳槽中取出,水平放置,撬開上層板。

11.  用塑料膜覆蓋凝膠,將板翻轉(zhuǎn),將凝膠的一角揭離玻璃板,放在塑料膜上,再用另一張塑料膜覆蓋凝膠。

12.  將凝膠放在帶熒光指示劑的薄層層析板上,用短波紫外燈跟蹤觀察條帶,條帶將在綠色背景下顯示暗跡。

 

13.  一個干凈的*將條帶直接切下或用墨水標記后切出,剝?nèi)ニ芰夏?,將膠條轉(zhuǎn)移至離心管中。

 

14.  每2 cm 的膠條加0.5 ml 的0.3 mol/l 乙酸鈉,室溫下在旋轉(zhuǎn)揺床上洗脫過夜。

15.  將溶液轉(zhuǎn)移至一個干凈的離心管中,不要帶入丙烯酰胺碎片。

16.  用等體積的酚抽提1次,氯仿抽提1次,乙醇沉淀,干燥,樣品用TE緩沖液或水重懸。

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