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實(shí)驗(yàn)室常用 DNA 聚合酶有三 種: TaKaRa TaqT M ,TaKaRa EX TaqT M 和 Pyrobest T M DNA Polymerase 。TaKaRa TaqT M 是一般的 DNA 聚合酶,保真性較差 , 但價(jià)錢便宜,一般用于基因表達(dá)的檢測(cè)等。TaKaRa EXTaqT M 是具有 Proof reading 活性的耐熱性 DNA 聚合酶,具有一定的保真性,而且其擴(kuò)增得到的 PCR 產(chǎn)物 3’ 端附有一個(gè) “A” 堿基,如果希望直接將產(chǎn)物克隆 到 T-vector 可以用此酶。 Pyrobest T M DNA Polymerase 也是具有 Proof reading 活性的耐熱性 DNA 聚合酶, 其特點(diǎn)是保真性*,擴(kuò)增得到的 PCR 產(chǎn)物為平滑末端。如果進(jìn)行基因的擴(kuò)增 請(qǐng)使用此酶。
1. 按下列組成在 PCR 反應(yīng)管中調(diào)制反應(yīng)液:
TaKaRa TaqT M 或 TaKaRa EXTaqT M 的配方
Reagent |
Quantity, for 50µ l of reaction mixture |
10X PCR buffer (Mg2+ free) |
5 µ l |
MgCl2(25mM) | 如 TaKaRa TaqT M 加 3 µ l |
如 TaKaRa EXTaqT M 加 4 µ l | |
2.5mM dNTP mix |
4 µ l |
10µ M Primer 上游 |
1 µ l |
10µ M Primer 下游 |
1 µ l |
Templa te DNA |
1 µ l |
Taq 或 EX TaqDNA Polymerase |
0.25 µ l |
Sterile deionized water |
Up to 50µ l |
Total |
50 µ l /Sample |
Pyrobest TM DNA Polymerase 的配方
Reagent |
Quantity, for 50µ l of reaction mixture |
10X Pyrobest buffer |
5µ l |
2.5mM dNTP mix |
4µ l |
10µ M Primer 上游 |
1µ l |
10µ M Primer 下游 |
1µ l |
Templa te DNA |
1µ l |
Pyrobest TM DNA Polymerase |
0.25µ l |
Sterile deionized water |
Up to 50µ l |
Total |
50µ l /Sample |
① 反應(yīng)總體積根據(jù)實(shí)際情況進(jìn)行調(diào)控,可以做 20~50µ l 以節(jié)約試劑;
② 將上表各成分加入到 0.2ml 或 0.5ml 滅菌的 PCR 薄壁管中;
③ 如果不用 PCR 儀的加熱蓋,在反應(yīng)混合液的上層加 30 ~50µ l 的礦物油 防止樣品在 PCR 的過程中蒸發(fā);
2. 按以下程序進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增。
PCR 反應(yīng)條件視模板、引物等的結(jié)構(gòu)條件不同而各異,在實(shí)際操作中需根 據(jù)具體的情況以及 PCR 結(jié)果而進(jìn)行優(yōu)化。
Step |
Temperature,
° C |
Time, min | Number of cycles |
Note |
起始變 性 |
94~95 |
1-3 |
1 |
|
變性 |
94~95 |
0.5-2 |
25-35 | 退火溫度比理論退火 溫度大概低 5°C,再 根據(jù)反應(yīng)結(jié)果優(yōu)化 |
退火 |
37-70 |
0.5-2 | ||
延伸 |
70-75 | 根據(jù)擴(kuò) 增產(chǎn)物 的大小 | 每分鐘延伸 1000bp | |
zui終延 伸 |
70-75 |
10 |
1 |
|
反應(yīng)結(jié)束后,抽取擴(kuò)增樣品 5µ l,用瓊脂糖凝膠電泳分析擴(kuò)增結(jié)果,用
DNA marker 判斷擴(kuò)增片段的大小或冷凍保存,以備以后分析使用。
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