基因在染色體上的排布(Gene Orders)是高度組織化的，在自然選擇作用下，單一基因的結(jié)構(gòu)和成簇基因的排列順序在不同進化分支中具有不同程度的可變性，并且基因排布與染色體結(jié)構(gòu)的關(guān)系仍然有待進一步探索。進化基因組學的重要研究內(nèi)容之一就是揭示在這些大規(guī)模且不同程度的基因排布下，不同物種基因組在基因共調(diào)控機制方面的相似和差異。現(xiàn)今，二代測序技術(shù)的快速發(fā)展和廣泛應(yīng)用，產(chǎn)生了不同分類群代表物種的基因組數(shù)據(jù)，但是缺乏一個基于大規(guī)?；蚪M數(shù)據(jù)且操作簡單的基因排布可視化工具。
為此，中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室研究員于軍和英國倫敦大學學院腫瘤研究所王大鵬合作開發(fā)了一套全新的網(wǎng)絡(luò)可視化工具LCGserver，用于解析多類群進化背景下基因排布的動態(tài)變化規(guī)律，此項研究于近期發(fā)表在OMICS: A Journal of Integrative Biology 雜志。
針對基因排布，LCGserver提供三個水平的分析功能：單個基因、成對基因和成簇基因。其*的功能是可以根據(jù)成組基因的同源性將不同的基因組進行比對，幫助用戶直觀地鑒定特定物種基因組在特定進化分支上基因排布的保守和變異事件。另外，根據(jù)保守和變異的所有可能性，將成對基因分成6種模式并且可以識別*保守的基因簇的存在。
此項研究將對進化和比較基因組學領(lǐng)域產(chǎn)生積極影響，比如研究新測序物種基因組和公共數(shù)據(jù)庫基因組的基因共線性關(guān)系，通過比較近緣物種基因組查看并糾正組裝過程中存在的問題，通過基因位置信息構(gòu)建物種進化樹，與RNA-Seq數(shù)據(jù)結(jié)合進行基因位置和基因共表達的交叉驗證，高度保守的基因簇可以作為高維基因組結(jié)構(gòu)的錨點等。

成對基因的六種變異模式