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DNA把細(xì)胞的記憶“錄”下來(lái)

時(shí)間:2014-11-27閱讀:275
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Science:用DNA把細(xì)胞的記憶“錄

細(xì)胞要是能講話(huà),肯定會(huì)有一番長(zhǎng)篇大論值得講:擦身而過(guò)的分子們、給鄰居細(xì)胞發(fā)送的信號(hào),它們自己生長(zhǎng)變化的過(guò)程……這些事件一同構(gòu)成了細(xì)胞的生活史。

盡管研究人員還談不上賦予細(xì)胞講話(huà)的能力,但他們現(xiàn)在能給細(xì)胞裝備某種記憶功能,在細(xì)胞生命歷程中記錄下幾周內(nèi)的片段。這種新的方法利用DNA鏈來(lái)儲(chǔ)存數(shù)據(jù),科學(xué)家能夠?qū)@些數(shù)據(jù)進(jìn)行解讀。zui終,這樣的細(xì)胞能被應(yīng)用到諸多地方,例如能作為環(huán)境傳感器報(bào)告與特定化學(xué)物質(zhì)接觸的情況。

過(guò)去,研究人員以開(kāi)啟或關(guān)閉特定蛋白的表達(dá)來(lái)作為細(xì)胞對(duì)某種刺激的回應(yīng),以此把細(xì)胞變成簡(jiǎn)單的傳感器。但是每一次開(kāi)關(guān)都只能記錄一條簡(jiǎn)單的信息——細(xì)胞是否曾經(jīng)受到過(guò)刺激——而無(wú)法記錄接受刺激的時(shí)長(zhǎng)或者規(guī)模。而且如果細(xì)胞死亡,隱藏在蛋白質(zhì)中的信息就會(huì)丟失。“我們想要更容易規(guī)?;南到y(tǒng),好采集到更多的信息。”麻省理工學(xué)院的合成生物學(xué)家盧冠達(dá)(Timothy Lu)說(shuō),“作為工程師,我們開(kāi)始思考一個(gè)理想的記憶系統(tǒng)會(huì)是什么樣子的。”

他的團(tuán)隊(duì)后來(lái)選中了一套生物程序,能讓活細(xì)胞在接觸到信號(hào)的時(shí)候——無(wú)論是收到閃光刺激還是暴露在某種化學(xué)物質(zhì)中——重寫(xiě)自己的DNA。一旦DNA被改寫(xiě),哪怕細(xì)胞死亡,信息也仍然被封存在DNA中。所以,通過(guò)對(duì)攜帶這一程序的細(xì)胞群體進(jìn)行基因測(cè)序,研究人員就可以確定特定信號(hào)的規(guī)模和持續(xù)時(shí)間:擁有基因突變的細(xì)胞越多,就意味著細(xì)胞接觸的信號(hào)越強(qiáng)或者歷時(shí)越長(zhǎng)。

Science:用DNA把細(xì)胞的記憶“錄

在目標(biāo)刺激存在時(shí),質(zhì)粒(灰色)會(huì)產(chǎn)生單鏈DNA(橙色曲線(xiàn))。這些DNA被整合到特定的基因組座位(橙色圓圈)上。通過(guò)這種途徑,突變(綠色細(xì)胞中的星號(hào))的累積得以用來(lái)衡量細(xì)胞所接受的目標(biāo)刺激的強(qiáng)度與時(shí)長(zhǎng)。

這種方法被取名為“SCRIBE”(Synthetic Cellular Recorders Integrating Biological Events)英文縮寫(xiě)的意思正好是“抄寫(xiě)員”。這個(gè)方法依賴(lài)于逆轉(zhuǎn)錄酶系統(tǒng)——逆轉(zhuǎn)錄酶在一些細(xì)菌中天然存在,是細(xì)菌遺傳系統(tǒng)的組成部分。借助逆轉(zhuǎn)錄酶系統(tǒng),這些細(xì)菌能產(chǎn)生單鏈DNA,并利用它們來(lái)改變宿主。盧冠達(dá)的團(tuán)隊(duì)從細(xì)菌細(xì)胞做起。他們向細(xì)菌中插入了一套逆轉(zhuǎn)錄酶系統(tǒng),這套系統(tǒng)只有在對(duì)特定刺激(比如某種化學(xué)物質(zhì))做出應(yīng)答時(shí)才會(huì)激活,產(chǎn)生出*的DNA。當(dāng)細(xì)胞進(jìn)行DNA復(fù)制時(shí),那段新的DNA就會(huì)替換掉原基因組中的一段近乎*相同的DNA片段,使得細(xì)胞的基因發(fā)生輕微的變化。

盧冠達(dá)在一系列細(xì)胞中檢驗(yàn)了SCRIBE的成效。有的細(xì)胞被他改造得能夠感知光線(xiàn),其他一些細(xì)胞則能對(duì)一種常見(jiàn)的生物試劑做出應(yīng)答。在一個(gè)例子中,經(jīng)他改造的細(xì)胞在受到光刺激時(shí)會(huì)產(chǎn)生抗生素抗性基因。這樣,研究者很容易就能讀取細(xì)胞的“記憶”:當(dāng)細(xì)胞在有抗生素存在的環(huán)境中被培育時(shí),研究人員可以立刻看出哪些細(xì)胞攜帶著新的基因。對(duì)細(xì)菌基因組的測(cè)序證實(shí)了這個(gè)結(jié)果。SCRIBE還可以被設(shè)計(jì)用來(lái)感知其他刺激,并產(chǎn)生任何人們需要的基因變異。

“這套系統(tǒng)有很多潛在應(yīng)用。”盧冠達(dá)說(shuō),“其中之一是對(duì)細(xì)胞所在的生存環(huán)境做記錄。”他舉例稱(chēng),人們可以把活細(xì)胞留在一片水域中一星期,然后再回收。對(duì)細(xì)胞DNA進(jìn)行測(cè)序可以檢測(cè)它們是否接觸過(guò)水中的特定細(xì)菌或者毒素。

對(duì)于基礎(chǔ)研究人員來(lái)說(shuō),SCRIBE可能也會(huì)非常有用,盧補(bǔ)充道。“在發(fā)育的過(guò)程中,你從一個(gè)單獨(dú)的細(xì)胞變成一個(gè)多細(xì)胞有機(jī)體,每一個(gè)細(xì)胞都會(huì)受到不同的指引。”他說(shuō)。SCRIBE能夠讓研究人員記錄下每個(gè)細(xì)胞遭遇的刺激如何影響其命運(yùn)。

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